În 1954, sub auspiciile Comisiei pentru hidrologie, hidrobiologie şi ihtiologie a Academiei Române, Institutul de biologie “Traian Săvulescu” şi Institutul de cercetări piscicole iniţiază prin sectorul de biologie marină din Constanţa cercetări complexe asupra vieţii şi condiţiilor de mediu din Marea Neagră.

La scurt timp Institutul de Cercetări Hidrotehnice a creat, în 1960, Staţiunea de Cercetări Oceanografice din Constanţa şi o staţiune de cercetare mai mică la Sulina.

În perioada 1960 – 1970 s-a ajuns ca pe o lungime de litoral de numai 25 km să funcţioneze cinci unităţi de cercetare marină cu tutelare diferită, care desfăşurau într-o oarecare măsură activităţi în paralel, fiecare cu mijloace proprii relativ modeste. Ca urmare a devenit necesară unificarea bazei materiale, informaţionale şi a personalului într-o instituţie cu un plan de cercetare marină unitar, în concordanţă cu necesităţile economiei naţionale şi cu tendinţele existente în acest domeniu de activitate pe plan mondial. S-a născut astfel Institutul Român de Cercetări Marine (IRCM), ca rezultat al fuzionării celor cinci instituţii menţionate anterior, cu scopul îndeplinirii dezideratelor precizate, în spiritul continuării tradiţiei anterioare în cercetarea marină iniţiată de predecesorii E. Racoviţă, I. Borcea şi G. Antipa.

În primii 10 ani de existenţă IRCM, ca instituţie de cercetare pluri- şi interdisciplinară, a aparţinut Consiliului Naţional pentru Ştiinţă şi Tehnologie. După 1980 institutul a fost subordonat temporar Ministerului Învăţământului (1981), apoi Ministerului Agriculturii şi Industriei Alimentare (1982) şi ulterior Centralei Peştelui şi Industrializării Peştelui (CPIP) (1982 – 1989). După Revoluţia Română din 16-22 decembrie 1989, IRCM a fost afiliat Ministerului Mediului (1990) respectiv Ministerului Apelor, Pădurilor şi Protecţiei Mediului (MAPPM).

În anul 1999, sub autoritatea Ministerului Mediului şi Gospodăririi Apelor, a fost înfiinţat Institutul Naţional de Cercetare-Dezvoltare Marină “Grigore Antipa”, prin reorganizarea Institutului Român de Cercetări Marine. În scopul recunoaşterii tradiţiei centenare şi a continuităţii oceanologiei naţionale, institutul este denumit după Profesorul Grigore Antipa (1867 – 1944), fondatorul şcolii româeşti de ecologie marină.